無論以哪種方式形成的建設(shè)工程合同都有三種情況：無效合同、可變更可撤銷合同和有效合同，以下是三種情況下工程合同結(jié)算分析。

1.無效合同的結(jié)算

無效合同工程量清單不一致結(jié)算應(yīng)如何處理?依據(jù)《招標投標法》第五十條、第五十二條至第五十五條、第五十七條等6種情形則中標無效，簽訂的合同當(dāng)然無效。

依據(jù)《合同法》第五十二條有情形之一的，合同無效。

依據(jù)《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合問糾紛案件適用法律問題的解釋》第一條“建設(shè)工程施工合同具有下列情形之一的，應(yīng)當(dāng)根據(jù)合同法第五十二條第(五)項的規(guī)定，認定無效”。

以上情況出現(xiàn)，無論以哪種方式簽訂的建設(shè)工程無效合同，如果工程已實施，依據(jù)《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》進行結(jié)算。

《最高人民法院關(guān)于審理建設(shè)工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二條“建設(shè)工程施工合同無效，但建設(shè)工程經(jīng)竣工驗收合格，承包人請求參照合同約定支付工程價款的，應(yīng)予支持”。

第三條建設(shè)工程施工合同無效，且建設(shè)工程招經(jīng)竣工驗收不合格的，按照以下情形分別處理： (一)修復(fù)后的建設(shè)工程經(jīng)竣工驗收合格，發(fā)包人工請求承包人承擔(dān)修復(fù)費用的，應(yīng)予支持;(二)修稍復(fù)后的建設(shè)工程經(jīng)竣工驗收不合格，承包人請求支付工程價款的，不予支持。因建設(shè)工程不合格造成的損失，發(fā)包人有過錯的，也應(yīng)承擔(dān)相應(yīng)的民事責(zé)任。

也就是說，建設(shè)工程合同無效，工程已實施的，參照無效合同結(jié)算條款執(zhí)行。

2、可變更可撤銷合同的結(jié)算

依據(jù)《合同法》第五十四條“下列合同，當(dāng)事人一方有權(quán)請求人民法院或者仲裁機構(gòu)變更或撤銷。”

一方以欺詐、脅迫手段或者乘人之危，使對方在違背真實意思的情況下訂立的合同，受損害方有權(quán)請求人民法院或者仲裁機構(gòu)變更或者裁撤。當(dāng)事人請求變更的，人民法院或者仲裁機構(gòu)不得撤銷。

當(dāng)合同中的工程量清單與招標文件的工程量清單不一致，招標人在依據(jù)法律、行政法規(guī)和部門規(guī)章編制的評標標準進行認真細致評標之后， 又能提出合法有效證據(jù)證明合同中的工程量清單有重大誤解或違背了真實意思。這種情況在實務(wù)中很少見。

合同已經(jīng)人民法院或仲裁機構(gòu)變更的，工程結(jié)算按變更后的合同結(jié)算，合同未變更或撤銷按原合同結(jié)算，已撤銷的參照原合同結(jié)算條款執(zhí)行。

3、有效合同的結(jié)算

依據(jù)《建筑法》第三條“建筑活動應(yīng)當(dāng)確保建筑工程質(zhì)量和安全，符合國家的建筑安全標準”?！逗贤ā返诙倭艞l“建設(shè)工程合同是承包人進行工程建設(shè)，發(fā)包人支付價款的合同”。也就是說：承包人先進行工程建設(shè)，工程符合質(zhì)量和安全要求驗收合格，發(fā)包人依據(jù)合同支付價款。

基于以上的分析，合同中工程量清單與招標文件中工程量清單不一致，大多數(shù)情況都歸因于招標人責(zé)任。在結(jié)算階段的依據(jù)是建設(shè)工程合同文件，而不是招標文件。發(fā)改委2007版《標準施工招標文件》和住房城鄉(xiāng)建設(shè)部2013版《標準工程施工合同(示范文本)》(CF-2013-0201)合同條件中，已明確招標文件不是合同文件構(gòu)成部分。也就是說，“合同中工程量清單與招標文件工程量清單不一致”是偽命題，因為招標文件不是合同文件。

發(fā)包人硬性分為“合同中工程量清單與招標文件中工程量清單不一致”是合同爭議，依據(jù)合同爭議解決條款進行仲裁或訴訟。無論投標人是否有意為之，仲裁機構(gòu)或法院依據(jù)的都是合同文件而把招標文件排除在外。除非招標人能夠提出合法有效證據(jù)證明是合同中的工程量清單有重大誤解或違背了真實意思。

無論合同是否有效，辦理結(jié)算的重要參考依據(jù)都是合同結(jié)算條款和工程量清單，招標文件的工程量清單不是結(jié)算依據(jù)。